La giovinezza di Francesco si svolse negli anni delle lotte per la liberta`del Comune. Egli aveva 16anni quando Innocenzo III profitto` della scomparsa di EnricoVI per riprendere i territori della Marca di Ancona e del ducato di Spoleto che il Brbarossa aveva usurpato alla Chiesa. Quell' avvenimento interesso` derettamente Assisi, che insorse e proclamo` l'autonomia comunale: la fazione popolare assunse il potere e distrusse la fortezza sul colle, simbolo della potenza tedesca, senza tuttavia arrecare danno ai castellani. Per questoAleruzza pote` portare Federico al castello di Foligno. lo stesso papa si compiacque, in una lettera ai popoli del ducato, per quanto era stato reso alla Chiesa, titolare legittime.
Cio` segno` la fine del feudalesimo in Assisi. I colori del libero Comune divennnero il rosso e l'azzurro, negli stemmi, negli stendardi, e nelle divise dei gaggi.; l'azzurro a sinistra eda il rosso a destra, com'e` ancora oggi.
Il primo console del Comune fu Bombaroen, padre o fratello di Elia, compagno di Francesco; il secondo console fu Tancredi, cugino di Chiara. Il popolo ando` anche contro i feudatari, e li costrinse all'esilio. la maggior parte di loro - tra cui alcuni familiari di Chiara - trovo` rifugio a Perugina. Furono questi fuorusciti a fomentare la guerra di Perugia contro Assisi; divenne inevitabile lo scontro armato nel 1203, a Collestrada, ex feudo della contessa Matilde di Canossa, un castello sul confine dei territori dei due comuni. Anche Francesco prese parte a quello scontro, come feditore a cavallo, ma le milizie di Tancredi vennero travolte, Francesco fu fatto prigioniero e tenuto nel carcere di Perugia, dove e` oggi il palazzo del Tribunale. Da li` usci` dopo alcuni mesi molto malato. Tra gli accordi di pace, il Comune di Assisi accetto` di ricostruire le case ai feudatari, agevolando il ritorno dei nobili in citta`.
Ma la guerra travaglio` ancora per secoli la citta`, poche` l'odio verso il tedesco si trasformo` in odio di parte. Da una parte i nobili, sprezzanti, usi a spadroneggeiare, sempre ptonri a favorire questo o quello pur di riprendere in mano il potere in citta`: dall' altra parte il popolo, povero, frugale ,operoso, desideroso di affrancarsi, di recuperare la propria dignita`. L'animo di Francesco lo porto` a schierarsi decisamente da quest'ultima, a fianco del popolo.
Per seguire il suo istinto cavalleresco, e per farsi cavaliere secondo lo spirito crociato del tempo, nell'state del 1205 Francesco decise di raggiungere in Puglia l'esercito di Gualtieri di Brienne, che combatteva in nome del papa in difesa dei diritti di Federico II, che stavano per essere usurpati dai baroni tedeschi. Francesco raggiunse Spoleto, ma qui si ammalo` e fu costretto a tornare in Assisi. le antiche storie del Sango dicono invece che a Spoleto gli apparve in sogno Gesu`, che gli disse che un'altra era la milizia cui era stato chiamato; e di questo sogno, Giotto ci ha lasciato un affresco stupendo nella basilica di San Francesco, nel ciclo delle 28 pitture che rappresentano la vita del Santo.
Comincio` per Francesco ua vita diversa. Il suo animo muto` radicalmente, stanco delle lette, delle distruzioni, della cupidigia degli uomini. Si fece silenzioso, solitario. non ando` apiu` per le vie di Assisi con i suoi giovani amici in festa, tra sfarzi e stranezze; non fu piu` il giullare che salmodiava in brigata motivi profani, ne` il trovatore che cantava in francese le canzoni dell'amore cortese. L'ostentazione cedette il posto all'aumilta`, il lusso al saio del povero, il saio dei contadini umbri, fermato allavita dalla piu` umile delle cinture: una corda. Scese alla chiesetta di San Daminiano, diruta da tempo, e li` trovo` la sua via. Ando` a Foligno e vendette al mercato le sue cose, e il cavallo; col denaro ricostrui` la chiesetta. Poi, nella solitudine del Subasio, prese a vivere in preghiera tra i sassi del maloloco, dov'e`oggi l'eremo della Carceri. Soccorse i poveri, parlo` ai ricchi, ando` dai lebbrosi che erano in pianura, presso l'ospedale di san lazzaro. Segui` alla lettera il Vangelo, e ovunque, il richiamo di Cristo. Fin dall'aprile del 1209, alcuni suoi amici lo seguirono nella rinuncia e nella poverta`: Elia maestro alla scuola di San Giorgio, bernardo ricco cavaliere, Pietro canonico della cattedrale, Morico, Sabbatino, Giovanni, Silvestro, Masseo, fino a 12. Il vescovo di Assisi Guido protesse Francesco dall7ira paterna. nello stesso anno andarono tutti a Roma dal papa; Innocenzo III li accolsse nello splendore della Curia, li ascolto`, lesse la Regola che avevano scritto alla Porziuncola; li accetto` cosi` com'erano, e dopo qualche giorno decise di proteggerli, in quanto li vide possibili artefici di una benefica svolta per la Chiesa, in senso evangelico, come il papa stesso aveva auspicato in un suo libro giovanile sulla miseria del mondo.
Nel 1211, nella notte della domenica delle palme, all'eta` di 18 anni, anche Chiara lascio` la ricca casa paterna per entrare in quella comunita` di poveri. Nella chiesetta della Poeziuncola, Francesco le recise i capelli e il saio della penitenza, cha avrebbe portato tutta lavita. Stanche del mondo, della sua violenza e vanita`, raggiunsero Chiara le sue sorelle, Agnese e Beatrice, la madre stessa Ortolana, le nipoti Amata, Agnese e Balvina, le compagne d'infanzia, bona, Benedetta e Pacifica, e tante altre creature giovanissime. Il popolo le chiamo` "povere dame", ed il loro rifugio fu in San Damiano.
Francesco inizio` a predicare in Assisi, ma presto anche nelle strade e nelle piazze di ogni parte d'Italia, e poi in Francia, in Spagna, in Terrasanta. E` scritto nei Fioretti che "quando il Snato giunse nella citta` di Bologna tutto il popolo volle vederlo, ed era cosi` grande la calca dche la gente a gran pena entro` nella piazza. Fu cosi` che Francesco si levo` in mezzo del luogo, alto, e comincio` a predicare quello che lo Spirito Santo gli diceva. E predicava cosi` meravigliosamente che pareva che predicasse un angelo e non un uomo... e grandi moltitudini di uomini e di donne si convertirono a penitenza".
